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Fazenda Capão Alto fez parte das terras da primeira sesmaria dos Campos Gerais, doada em 1704 à família de Pedro Taques. Em 1751 foi adquirida pela Ordem Terceira de Nossa Senhora do Carmo, sediada no convento da Ordem em São Paulo.
Utilizando mão de obra escrava, os frades se ocuparam de criação de gado e produção de alimentos, construíram uma capela (de Santo Antonio do Capão Alto) e um cemitério que atendia à incipiente povoação do Iapó, situada que estava sobre o caminho das tropas. Quando os carmelitas retornaram a São Paulo, por volta de 1774, a fazenda foi arrendada a terceiros, mas os escravos permaneceram no local. Por noventa anos continuaram cultivando a terra e criando gado, mantendo os bens da Ordem e realizando as atividades rotineiras necessárias à sua subsistência. Em 1864 essa população escrava, composta de cerca de duzentas pessoas, foi vendida para a firma Gavião, Ribeiro & Gavião, de São Paulo. No momento em que deveriam ser retirados da fazenda, os escravos rebelaram-se, alguns foram mortos e outros fugiram para os socavões de Castro, mas a maior parte foi submetida e levada para trabalhar nas fazendas paulistas.
Em 1870 a fazenda foi adquirida por Bonifácio José Baptista, de influente família dos Campos Gerais. Bonifácio, que foi intitulado Barão de Monte Carmelo por D. Pedro II, construiu um belo casarão e o mobiliou confortavelmente. Durante a Revolução Federalista, em 1894, ele apoiou, como grande parte dos fazendeiros dos Campos Gerais, os maragatos, fornecendo cavalos, alimentos e outros bens. Mas com o término do conflito decidiu residir na capital paulista, onde faleceu, em 21 de abril de 1897.
A fazenda permaneceu com sucessivos herdeiros até a década de 40 do século XX. Em 1979 foi vendida à Cooperativa Central de Laticínios do Paraná e em 1983 foi tombada pela Coordenação do Patrimônio Cultural da Secretaria da Cultura do Paraná, passando pela restauração dos seus elementos arquitetônicos. Atualmente a propriedade é aberta à visitação, oferece atividades culturais relacionadas à sua história e é administrada, nesse setor, pela “Fazenda Capão Alto Empreendimentos Culturais e Turísticos S/A”.